Złożenie trumien w krypcie poprzedziło krótkie liturgiczne pożegnanie pary prezydenckiej w katedrze na Wawelu. Poprowadził je kardynał Stanisław Dziwisz.
Po nabożeństwie w katedrze na Wawelu trumny zostały przeniesione do krypty i umieszczone w sarkofagu z onyksu w krypcie pod Wieżą Srebrnych Dzwonów. W tej samej krypcie, w osobnym pomieszczeniu, znajduje się trumna z ciałem marszałka Józefa Piłsudskiego.
Złożeniu trumien w krypcie towarzyszył salut narodowy - 21 salw artyleryjskich oddanych w hołdzie parze prezydenckiej. Salut oddało sześć armat Batalionu Reprezentacyjnego Wojska Polskiego.
Po tej części uroczystości, na dziedzińcu Zamku Wawelskiego szefowie delegacji zagranicznych złożyli kondolencje rodzinie pary prezydenckiej oraz przedstawicielom polskich władz.